Herausgezüchtet wurde der Knabstrupper aus dem Frederiksborger, der ältesten dänischen Pferderasse. Bekannt waren Tigerschecken in Dänemark auch schon früher. In den katholischen Klostergestüten wurden gefleckte Pferde gezüchtet.

Mitte des 15. Jahrhunderts gründete dann Frederik II. das königliche Gestüt Frederiksborg. Die Grundlagen der Zucht stammten aus dem Klostergestüt Esrom. In unmittelbarer Nähe erbaute dann der Sohn Frederiks II. , Christian IV. das Renaissanceschloß Frederiksborg. Christian IV. widmete sich mit großem Engagement der Pferdezucht. Er wählte die Zuchthengste für das Gestüt persönlich aus und importierte der Mode folgend Hengste aus Spanien und Italien. Die dänische Pferdezucht erfuhr unter Christian IV. einen großen Aufschwung, die Glanzzeit erfolgte aber unter der Herrschaft Christians V. In dieser Zeit wurden neben den Weißgeborenen erstmals auch getigerte Hengste als Stammhengste eingesetzt. Der Wunsch nach getigerten Pferden war so groß, dass auf Frederiksborg die Stutenstämme getrennt wurden. Die Weißgeborenen und getigerten von den grauen und gelben. Auch der Stamm der Weißgeborenen war mit 18 Stuten schon sehr groß.

Zu dieser Zeit trat auch der erste Stammvater der Knabstrupper vom fernen Kartäuser Klostergestüt in Jerez de la Frontera seine Reise nach Dänemark an. Es war ein Schwarzer Hengst namens Superbe.

Um die Jahrhundertwende 1800 führten eine Einschränkung der Monarchie, eine geänderte Kriegsführung und ein “geistesgestörter” König dazu, dass die Glanzzeit des Gestüts Frederiksborg dem Ende zu ging. 1840 wurde es aufgelöst. Dank vieler privater Züchter, bereits seit dem 17. Jahrhundert hatten Edelleute und Bauern Zugang zu den Gestütshengsten, lebten die Frederiksborger Pferde weiter. Erwähnenswert ist das Gestüt Lovenborg, auf dem es mehrere vom Gestüt Frederiksborg gekaufte Hengste und über 100 Zuchtstuten gab. Die Hengste von Lovenborg gingen auf den bunten Hengst Baever II (Fuchs mit Schneeflocken) zurück, der wiederum ein Sohn Superbes war.

Nun zu Gut Knabstrup, von dem die Knabstrupper ihren Namen bekamen. Major Villars Lunn übernahm die Frederiksborger Zucht seines Vaters, zu der hauptsächlich solch helle Stuten gehörten, wie man sie auch auf Lovenborg züchtete. bei der Auswahl seiner Pferde achtete er stets darauf, dass diese ihre Belastbarkeit und Leistungsfähigkeit unter beweis gestellten hatten. Dazu gehörte auch eine span. Stute, die Lunn vom Metzger Flaebe abkaufte. Er nannte die Stute Flaebehoppen. Sie ist die Stammmutter der Knabstrupper und war ein fuchsmelierter Tigerschecke. Lunn ließ sie von einem gelben Sohn des Baever II vom Gestüt Lovenborg decken. Zur Welt kam ein Hengstfohlen mit dem Namen Flaebehingsten, der auf Gut Knabstrup eine eigene Zucht Begründete. Vom Flaebehingsten erzählt man, dass Mähne und Schweif weiß gewesen sind, und der Körper von vielen Flecken mit unterschiedlicher Farbe überzogen war. Flaebehingsten hatte zahlreiche Nachkommen, der bekannteste von ihnen ist der Hengst Mikkel. Dieser zeugte wiederum viele Nachkommen, die die knabstruppertypische Tiger- scheckung aufwiesen. Somit war Gut Knabstrup zur Zuchtstätte getigerter Pferde in Dänemark geworden.

Major Lunn wünschte sich für seine Zucht, dass sie fortbestünde und die Pferdezucht durch passende Anpaarungen zu veredeln sei. Dieses trat aber leider nicht ein. Als Sigismund Lunn den Betrieb übernahm, gab es nur noch wenige getigerte Zuchttiere und durch einen Blitzschlag im Jahre 1891, der den Pferdestall in Brand setze, verlor er weitere 22 Pferde. Dennoch züchtete er mit den übriggebliebenen Tieren weiter, und da die Zucht von Gut Knabstrup auf das regionale Zuchtgeschehen Einfluß genommen hatte, konnte S. Lunn auf Knabstrupperhengste der Region zurückgreifen.

Die Tigerscheckenzucht hinterließ in Dänemark einen bleibenden Eindruck. Dennoch waren die Bestände über das ganze Land verstreut. Von 1932 bis 1970 wurden regionale Vereine zur Erhaltung des Knabstruppers gegründet, die allerdings nicht sehr erfolgreich waren. Erst 1970 gelang es mit der Knabstrupperforeningen for Danmark einen landesweiten Zuchtverband zu erschaffen. Noch im selben Jahr wurden die ersten Zuchtstuten und -hengste eingetragen. Allerdings mußten viele Abstammungen mangels Papieren aus Überlieferungen und dem Gedächtnis rekonstruiert werden.

In den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde dann in Deutschland die IG Knabstrupper gegründet. Dort versuchen einige Liebhaber den barocken Knabstrupper mit persönlichem Engagement und großem Einsatz zu erhalten, bzw. sein Fortbestehen zu sichern. Sehen wir dagegen nach Dänemark, so werden wir mit bedauern feststellen, dass wir dort kaum ein als Knabstrupper eingetragenes Pferd mit mehr als 30% Knabstrupperblut finden.